Ecseny neve először III. Béla 1193-as okiratában szerepel.

A török dúlástól elnéptelenedett falu betelepítése evangélikus svábokkal Mária Terézia idején kezdődött meg.  Az 1780-as években betelepült svábok  valószínűleg Hessen, Bajor-Pfalz és Észak-Baden területéről érkeztek. Ők építették a mai evangélikus templom elődjét. A jelenleg álló, műemlék jellegű templom 1842-43 között épült a hívek összefogásából. 1860 körül a Tolna és Baranya megyei sváb településekből költöztek át evangélikus családok.

A 18. század közepéig a Perneszi család birtoka volt a település. 1848-ban 109 úrbéres háztartása volt, ekkor még Somogy jelentősebb települései közé tartozott. 1930-ban 1022 német anyanyelvű és 38 magyar lakosa volt. A második világháború után a németek 30%-át kitelepítették, helyükre a csehszlovák-magyar lakosságcsere keretében felvidéki családok költöztek.

1950-ben a községnek 1150 lakosa volt, amely folyamatosan csökkent.

A mai Községházát 1935-ben az evangélikusok építették Kultúrháznak, s 1953-ban az államosítást követően lett Községháza.