Már a tatárjárás előtt is létezett a település, s 1229-ben Merena és Alsó-Merena néven említik a székesfehérvári káptalan birtokai között. 1332-37-es pápai tizedjegyzék szerint plébániás hely volt. Az 1385-ös, és a csaknem száz évvel későbbi iratokban Wasarusmernyeként szerepel az iratokban. A Ghymesi Forgách családnak voltak a faluban részbirtokai 1446 és 53 között. Ezután Vityai Lászlóhoz és a Perneszi családhoz kerültek zálogba. Az 1536-os adólajstromban Bódogasszonymernye, Almernye, és Wasarusmernye néven találjuk meg a települést. Negyven évvel ezután a török kincstári adóösszeírásban Vásáros-Mernye már csak négy, Boldogasszony - Mernye húsz házból ált.

A XVI. század végén a székesfehérvári káptalan lett a térség tulajdonosa. Az 1700-as években világi és egyházi urai egyaránt voltak. A mernyei uradalmat, I. Ferenc király 1807-ben adományozta a Kegyes Tanítórendnek. A piaristák 1905-ben építették meg a kastélyukat Mernye központjában, amelyet a kormányzói, gazdasági feladatok székhelyéül használtak. A község 1818 kapta meg az országos vásártartói jogot. 1932-ben n500 katasztrális hold volt a határ területe, s ennek felét a piaristák birtokolták.

A falutól négy kilométerre északra - a 67-es úton továbbhaladva - fekszik Mernyeszentmiklós. A korábbi lakott külterületet a nyolcvanas években csatolták Mernyéhez, mint belterület. Ez a településrész a török kincstári adóösszeírásban Alsó- és Felső-Miklós alakban fordult elő. 1726-ban a Nádasdy, 1756-ban a Festetics családé volt. Boldogasszony-Mernye falu az egykori Hamuházi dűlőben feküdt. A mai Mernyének tehát több történeti elődje is volt.

A fekvésének köszönhetően, már a két világháború között Mernyén alakult ki a szomszédos községek mezőgazdaságának, oktatásának, és egészségügyi ellátásának központja. 1970-ben Szentgáloskér, Somodor és Somogygeszti, három év múlva Polány, végül pedig Felsőmocsolád és Ecseny csatlakozott a közös községi tanácshoz. Az 1990-es választásokkor körjegyzőség és önálló önkormányzat alakult.

Az első tsz-t 1959-ben alapították, a somogygeszti és a polányi szövetkezetet 1970-ben csatolták hozzá. A gépállomás 1950-ben jött létre, ahol később a javításokon kívül alkatrészgyártással is foglalkoztak. 1975-ben forgácsoló, szerelő és lakatosüzemmel bővültA nyolcvanas évek második felében a Mezőgép gyáregység 300 embernek adott munkát. Az itt dolgozók 95 százalékát a rendszerváltáskor elbocsátották. Az azóta megszűnt gyártelepen kis vállalkozások vetették meg lábukat, de most is számos üres műhely várja a befektetőket.